本種の分類は幾つかの問題を抱えています。従来の分類体系では，本種を海産のヒメアオノリ（Blidingia minima）の変種B. minima var. ramiferaとするか，独立した種B. ramiferaとするかで見解が分かれてきました。Bliding (1963)は，本種をBlidingia minimaの変種として記載しましたが，Garbary & Barkhouse (1987)はこれを独立の種としています。Iima et al. (2004)によると，rbcL遺伝子を用いた分子系統解析の結果，本種はBlidingia minimaのクレードに含まれるものの，本種を含むBlidingia minimaは4つのクレードに分けられる事が示唆されました。4つのクレードそれぞれが独立した種である可能性が高いと考えられるため，本サイトでは，本種をB. ramiferaとしました。しかし，B. ramifera及びB. minima var. ramiferaは，記載時にタイプが示されておらず，国際藻類・菌類・植物命名規約（ICN）において非正式名（invalid name）です。

Burrows (1991) はB. ramiferaの特徴である棘状の小枝は，汽水あるいは淡水域でみられる生育型である可能性を言及しており，Guiry & Guriy (2011）などはB. ramiferaをホソヒメアオノリ（B. marginata）のシノニムとしています。ホソヒメアオノリは汽水産種なので，本種と近い関係にあってもおかしくはありませんが，上述のように本種は独立の種である可能性が高いため，ホソヒメアオノリと同種として良いかどうかは更なる検討が必要と考えられます。分類学的検討と整理が俟たれています。