日本において，これまで報告されたオオイシソウ属は全て絶滅危惧種に指定されており，環境省のレッドリスト2017では，オオイシソウモドキ，イバラオオイシソウ，アツカワオオイシソウ，インドオオイシソウ，ムカゴオオイシソウが絶滅危惧I類（CR+EN），オオイシソウは絶滅危惧II類（VU）のカテゴリーに指定されています。「種」としては全てオオイシソウにまとめられたことから，絶滅危惧I類（CR+EN）だった5種が全て無くなります。著者が委員として参加した「千葉県レッドリスト植物・菌類編（2017年改訂版）」では，千葉県におけるカテゴリーで消息不明・絶滅生物（X）に位置付けられていたインドオオイシソウとムカゴオオイシソウ，最重要・重要保護生物（A-B）に位置付けられていたアツカワオオイシソウの3種がオオイシソウにまとめられました。千葉県レッドリストにおけるオオイシソウのカテゴリーは一般保護生物（D）です。カテゴリーが絶滅危惧II類（VU），一般保護生物（D）に下がったことから，オオイシソウ類の絶滅の危険性が低くなったと解釈できますが，むしろオオイシソウのカテゴリーを絶滅危惧I類（CR+EN）や要保護生物（C）に引き上げた方が良いのではないかとも思います。1種にまとめられたオオイシソウをどのカテゴリーで扱うのが適当なのか，大変悩ましい問題です。

注．学名Compsopogon caeruleusの種小名の"caeruleus"について，"coeruleus"としている文献が散見しますが，"coeruleus"は誤用で，"caeruleus"が正しい綴りとなります。

オオイシソウ属は外形に加え，皮層の細胞層数，内側の皮層細胞が内部に向かって伸長するかどうか，単胞子嚢の大きさなどの形態的特徴で区別されてきました。これらの形態的特徴は，他の紅藻類では種かそれ以上の違いに相当しますが，rbcLやcox1などの遺伝子情報は，形態的特徴を反映しませんでした。一方，インドオオイシソウなどにおける"小胞子嚢"のように疑わしい構造（後述）については，"小胞子嚢"の実体は分からないものの，種の特徴ではないことが示唆されました。 大型藻類の形態が，生育環境などによって，同じ種類とは思えないくらい変化することがあるのは良く知られています（例．ダルス Devaleraea inkyuleei, ヒラムカデ Grateloupia livida）。しかし，著者の"感覚"としては，外形や大きさはともかく，皮層の細胞層数の違いや特別な細胞を形成するなどの特徴が単なる形態変異とは考えにくく，生育環境による影響があるとしても，何らかの遺伝的な違いがあるのではないかと考えています。残念ながらNecchi et al. (2012)とCarlile & Sherwood (2013) を覆す結果は得られておらず，種はもちろん種内分類群として整理することも適いませんが，cox1遺伝子よりも進化速度の速い遺伝子または遺伝子領域を分子マーカーとして使う，マイクロサテライトマーカーの開発やRAD-seq解析を通して個体群間の遺伝子交流の有無や構造を調べる，次世代シーケンサを使いオルガネラゲノム単位で比較するなど，より精密な解析を行えば，遺伝的集団のまとまりが見えてくるかもしれません。言うは易しで，そこまでのデータを揃えるのは並大抵のことではないと思いますが…。

注．皮層細胞が体の内側に向かって伸長することは，オオイシソウ（C. caeruleus）とC. iyengariiでも報告されており，インドオオイシソウだけの特徴ではありません。

"小胞子嚢"の形成は，中村・千原 (1983) をはじめとして国内外で数件報告されています。この内，"小胞子嚢"の形成過程を観察したのは中村・千原 (1978)のみ，"小胞子嚢"から"小胞子"の放出を観察したのはBrühl & Biswas (1923) のみです。放出された"小胞子"の発芽やその後の発生は知られていません。中村 (1993) は，小胞子嚢塊が母体から遊離しても分裂を続けると述べています。これらの観察結果から，"小胞子嚢"を生殖細胞とすることを疑問視する声があり，そもそもオオイシソウの体組織ではなく，オオイシソウの体表に着生する別の生物ではないかという意見もありました。著者の恩師 故 吉﨑 誠 博士（東邦大学名誉教授）は，"小胞子嚢"を「オオイシソウゴノミ」と呼び，何らかの着生藻類と考えておられました。著者も着生藻類の可能性が高いと考えており，シアノバクテリア（ラン藻類）かベニミドロ綱（Stylonematophyceae）に所属する紅藻類のいずれかではないかと予想しています。著者は海産藻類の専門家なので，今後オオイシソウに触れる機会は少ないと思いますが，"小胞子嚢"をDAPI染色して核か核様体を観察する，"小胞子嚢"を単離して培養する，単離した"小胞子嚢"からDNAを抽出・解析するといった方法が可能であれば，"小胞子嚢"の実体を明らかに出来るのではないかと考えています。