それでは，「仮名遣い」についてはどうでしょうか。日本語の仮名遣いの基準としては「現代仮名遣い」（内閣告示 1986）を用いるのが一般的です。ところが，「現代仮名遣い」（内閣告示 1986）には様々な例外規定があり，仮名遣いを確定出来ない言葉が頻出します。海藻で言えば「イワズタ」vs「イワヅタ」がこれに相当します。現在では一部の地域を除いて「ズ」と「ヅ」の発音は同じなので，日常的に用いる上では何の問題も無いのですが，これを活字にしようとすると厄介な問題が起きます。最たる例は辞書や索引でしょう。「ズ」か「ヅ」かで掲載の順番が変わってしまうため，仮名遣いを統一する事が不可欠です。本リストでも仮名遣いの統一に苦慮しました。図書館や新聞社では「現代仮名遣い」（内閣告示 1986）に独自の改良を施した表音法を用いています（北山 2008）。生物の和名の仮名遣いの基準を何にするかは，研究者によって意見が分かれています。名前の由来，すなわち語源を重視する語源派は，「和名には意味がある」ことから語源に従った仮名遣いを推奨しています。例えば，「岩蔦＝イワ＋ツタ＝イワヅタ」，「鹿角＝カ＋ツノ＝カヅノ」，「頬突き＝ホオ＋ツキ＝ホオヅキ」，「藻付く＝モ＋ツク＝モヅク（注）」などが好例です。これに対し，ルールを単純化し，例えば「ヅ」は例外なく「ズ」として機械的に仮名遣いを決めた方が使い易いとする方も少なくありません。この他，「学術用語集植物学編」や「日本産海藻目録」など，一般的に広く知られている文献を指針とされる方もおります。

注．モズクの語源はこの他「藻着く」，「藻屑」など様々ですが，いずれの語源に従っても「モヅク」となります。

　このように，生物の和名，特に仮名遣いは，結局のところ何を指針としたら良いかを決めるのが難しい状態です。もし「現代仮名遣い」（内閣告示 1986）で全ての仮名遣いが確定されれば，このような問題は起きないのですが，言葉には歴史，文化，学術的意味，利便性，慣習など，様々なものが絡み合っており，単純なものではありません。本リストでは，「現代仮名遣い」（内閣告示 1986）に従い，それでも読みを確定出来なかったものについては，やむを得ず著者の判断で仮名遣いを決めました。ここに挙げた仮名遣いの問題は，これまで幾度も議論されてきた事です。詳しく知りたい方は金井 (2008)，新村 (2008)，北山 (2008)を参考にしてください。